Inu-Yasha, mi-démon mi-humain, attaque le village, où la perle de Shikon se trouve et la vole. La perle de Shikon lui permettrait de renforcer ses pouvoirs. Mais, il a promis de la remettre à la prêtresse Kikyo, la gardienne de la perle. Pendant ce temps là, la prêtresse Kikyo est attaquée et gravement blessée par Naraku, qui s'est déguisé en Inu-Yasha. La prêtresse Kikyo croît alors que Inu-Yasha l'a trahi en lui tendant un piège. Lorsqu'elle croise le vrai Inu-Yasha dans la forêt, elle jette un sort puissant à l'aide d'une flèche et l'enchaîne à un arbre pour l'éternité. Kikyo meurt peu après suite à ses blessures. Avant de mourir, elle exprime sa dernière volonté à sa sœur, celle d'être incinérée avec la perle de Shikon.
Des siècles plus tard, Kagome, une fille de notre époque moderne, tombe dans le puits du temple où elle habite et peut ainsi traverser les époques. Elle arrive dans le village même où la tentative de vol de la perle a eu lieu cinquante ans plus tôt et sa ressemblance avec Kikyo n'échappe pas à la nouvelle prêtresse, Kaede, qui n'est autre que la sœur de Kikyo. Attaquée par un monstre, Kagome libère Inu-Yasha de son sort en faisant disparaître la flèche ensorcelée qui le maintenait dans un état léthargique. Il s'avère que Kagome porte en elle la perle de Shikon. Mais, Kagome détruit la perle malencontreusement, et les fragments s'éparpillent dans le monde. Inu-Yasha et Kagome unissent alors leurs efforts pour les retrouver.